臭氧应用于食品加工，生产车间空气及设备、器具表面和工作服的杀菌消毒，生产加工用水的杀菌净化和制备高浓度的臭氧消毒液，冷库消毒和食品保鲜。

生产车间的微生物污染是影响产品质量的极重要的因素，臭氧发生器产生的臭氧不但能有效杀灭它们，并可有效果去除车间异味。

生产车间的大部份细菌，都能通过加工人员的工作服带入生产车间。严重时会导致大面积传播，应引起足够重视。而臭氧气体可渗透服装各个部位，故利用臭氧对工作服进行消毒是高效、简便的方法。

臭氧在水中对细菌、病毒等微生物的杀灭率更高、速度更快，对水中有机化合物等污染物质去除彻底，而又不产生二次污染。

把高浓度的臭氧溶解于水中，制成的臭氧水具有极强的广谱杀菌效果，同时对各种农药、有机毒物、重金属离子都有极强的降解作用。

冷库的生物污染源主要是霉菌，它们对化学消毒剂有很强的耐受力，而且能在低温条件下存活。实验证明：使用浓度为6-12ppm的臭氧连续3-4小时消毒，可以将包括抵抗力极强的未萌动孢子杀死。停机后封库24小时以上，细菌杀灭率达90%，霉菌杀灭率可达80%左右。